Отдел мониторинга факторов риска занимается мониторингом и анализом распространенности факторов риска неинфекционных заболеваний на региональном и муниципальном уровне, мониторинг и анализ грамотности населения по вопросам общественного здоровья, включая оценку информированности относительно риска неинфекционных заболеваний на региональном и муниципальном уровнях, а также оценку мотивированности населения к ведению здорового образа жизни, проведение социологических исследований.